军队内部则是使用伊罗巴式，设有尉级和校级等军官，由于人手不足，士兵都是身兼水手与陆军的角色，上船是水手，下船是步卒。舰队下设战队，每战队五至十艘舰不等。陆军则是依排、连、营、团等分编。一排五十多人，三排构成一连，如此类推。
之所以会如此，主要是若用邪马台式的独立层层效忠，可能会尾大不掉，时生叛乱。用神州国的卫所制，则是以十十编制组成，一个指挥十个。为求效率与灵活所以在陆军才所用伊罗巴的三三制。其造法主要是依从莉亚娜黛的藏书记载，还有最初被她奴役控制的不列颠下级军官所讲述。
除一般兵力之外，不计负责伙食的灶仙军，每个作战单位都必定设有忍者。负责侦察与反侦察，还有潜入破坏等工作。
整个组织架构，从上而下，是作为首领的癸，负担他近身与保镖工作的梨花和成美。
军师青霭及替她出谋献策，研究和分析情报的策谋阁。手下为第二代，全由女性继承上代名字的真田十勇士之一的海野六郎，往昔是幸惠的助手，以及从军中挑选出来，聪慧有学识的女兵。制服是翠绿色神州国宫装打扮，但手腕及小腿为透明翠绿薄纱。
其下直属于青霭的是由幸惠所统率的五间组。语出孙子兵法的五间，其工作自然是情报刺探与反制各种势力可能潜入的间谍。辅助幸惠的是包括小西歌夜和小西沙由香等六位真田十勇士，各种忍者等达数百之多。并无设定制服。
预定在攻占天涯海角后，建立并由幽凤主理的奇器淫械城，莉亚娜黛的魔淫城，还有愈身馆。奇器淫械，是被愚家认为奇技淫巧并无大用的工艺技术，专责研究生产兵器、火炮、舰船，以及将来建造各式建筑和要塞碉堡等。
魔淫城，则是供莉亚娜黛关押奴隶，治养魔兽，研究魔法之用。城虽然还没建，但莉亚娜黛有独立的人手，究竟有多少人，连青霭都不知道。但制服则为十四门徒会认定，邪恶的魔女一定会穿的灰色长披肩，内里则一切自由。可是有时大风吹来，莉亚娜黛助手的长披肩下，往往是一丝不挂的。虽然这披肩很没有品味，只显得神秘可怕，但却是癸最常留意的，特别是在海风强劲之时。
愈身馆。癸少数最重视的旗下组织，胁迫利诱来的大夫和医生等全都在这里，还有凌云燕等护士。
当时，军队几乎从不注重医学，即使是设有医院骑士和银十字会等伊罗巴国家。所谓医院，实际上和让负伤者等死的地方差不多。军伍之中，病死的人是最多的，远超在阵上直接战死的人数。（看精彩成人小说上《小黄书》：https://xchina.biz）
花费巨大去成立这样一个机构，可以说是对用钱收买人命，要对方替自己出生入死的癸，小小的一点心意。大夫及医生可自由穿着，护士穿的则统一为伊罗巴式轻便白长裙，护士头饰及背后白式大蝴蝶。不过在后宫众芳之间有个未经证实的谣传，就是这只是癸想在庄严圣洁的医院内，大干特干那些年轻貌美，青春活泼的女护士。尤其是用颜射去沾污少女护士的容颜。
对此癸是百词莫辩。一个小偷惯犯，要想证明他并没有拾遗不报，根本是怎说也没人相信。
作为军中最具战力的单位，则是挑选精英组成的旗舰，上岸时组成海盗皇近卫营，预定扩编成团。全女兵组成的此部队，士兵均拥有忍者级的实力，很多成员甚至是原属丰臣家的忍者。服装为银色邪马台式轻甲，下穿红色衣服，大腿裸露，仅贴身躯。相当香艳的一种打扮。
皇龙神威军。虽然挂军的称号，但不是真的有一个军那么多。到底怎算，癸手下也未满三万人。这是直属的，由觅十兵卫指挥的火枪火炮部队。实战时，视乎情形去调配。制服和海盗皇近卫营相同，但加绣上枪炮图案。至于图案设计，则是莉亚娜黛的精心杰作。
与皇龙神威军同性质的特殊部队。还有维月和星河的翱翔战队，灰影和白武的猛兽战队，黑白和由碧涛协助的鲸豚战队。
由数百头各种不同的鹰和海鸥组成，翱翔战队担组侦察和制空的重任。在环宇之内，只有极少数军队有配备少量的鹰，而信鸽通信使军队配备不少鸽子。但是有维月和星河等羽民出任指挥，特别是星河变身后的巨鸟型态。只要不是遇上魔界战士。癸大可以相信，他的海盗军团总能先发现敌人，面对人类对手，制空权更必定会落在他手上。
灰影和白武的猛兽战队，是以过千的狼为基层成员，再加上这段期间，捕获、购入和繁殖得来的近百头狮、虎和豹组成。还配置有身型矮小的女兵作骑士。是一支反骑兵的可怕部队。
这部队最大的问题就是补给，猛兽们一天要吃上过百头的牛羊，要维持稳定的供应，得要饲养过万头牛羊。而这以目前的财政状况，自然是不可能的。不过莉亚娜黛提出一个让听到的人都会为之颤栗的解决方法。以敌人为粮食，以这部队的实力，每天杀上数百人只是等闲之事，只要让猛兽们把尸体吃了，那不用花一分钱就，就解决饲养费的问题了。
当莉亚娜黛提出来时，实在是举座阵惊，连青霭也变了脸色。每天杀百余名敌人并不出奇，战争之中，杀人成千上万是常事。可是……用人肉喂猛兽的话。
对此莉亚娜黛只是冷笑道：“用子弹、刀剑、滚油和毒药去杀人，你们可以接受，为何不能接受用牙齿和爪去杀人。杀人是一定的了，不然我们还叫海盗吗？反正尸体也没有用的，用尸体去满足猛兽，可以救到羊、鹿、兔等草食动物一命，这不好吗？不要太人类本位主义。人可以食动物，动物为何不可以食人。”
像莉亚娜黛这种反人类的异端观念，虽然大家不能接受。但现实的解决问题，只有如此了。因此猛兽战队是远离思明岛，在盟友郑家军的最前线迎击新金国军队的。还准备了俘虏，供远征天涯海角补给时使用。
俘虏自然是女真人和效力新金国的炎黄族士兵。
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